Nach Beendigung der Projektlaufzeit können sich die Projektschulen auf Wunsch zertifizieren lassen. Das Zertifikat „Musikalische Grundschule“ steht als Qualitätssiegel für die geleisteten Entwicklungsschritte und die geplanten Vorhaben, Ziele und Arbeitsschritte zunächst für 3 Jahre. Verliehen wird das Zertifikat vom Steuerungsteam, unter Einbindung der regionalen Schulaufsicht.

• In Mittelfranken wurden am 18.07.2013 26 Grundschulen und 2 Förderzentren zertifiziert.
  Liste der zertifizierten Musikalischen Grundschulen in Mittelfranken
   
• In der Oberpfalz und in Niederbayern wurden am 25.06.2015 29 Schulen zertifiziert.
  Liste der zertifizierten Musikalischen Grundschulen in der Oberpfalz und in Niederbayern
   
• In Mittelfranken wurden am 29.06.2016 26 Grundschulen und ein Förderzentrum für den Zeitraum von 2016 bis 2019 rezertifiziert.
  Liste der rezertifizierten Schulen 
   
• In Mittelfranken wurde am 04.07.2017 10 als „Partnerschulen der Musikalischen Grundschulen“ gestartete Schulen als Musikalische Grundschulen zertifiziert:
  Partnerschulen der Musikalischen Grundschulen zertifiziert von 2017 - 2019
• Liste der Projektschulen im Schuljahr 2019/2020 zertifizierten Musikalischen
  Grundschulen und Partnerschulen der Musikalischen Grundschule
  Liste Zertifizierter Schule 2019/2020

• Seit September 2017 werden in Mittelfranken 10 weitere Partnerschulen ausgebildet:
  
     
• ... und in Niederbayern 11 neue Partnerschulen: